El convenio procura establecer un marco de actuación conjunta en actividades de investigación, desarrollo e innovación. En este contexto, el Ministerio de Defensa Nacional busca la formulación y ejecución de programas de investigación, desarrollo e innovación en diversas áreas vinculadas a la oceanografía (biológica, física y química), la geomorfología y topografía, la interacción océano-atmósfera, así como el desarrollo de aplicaciones a las mismas de las tecnologías de la información y la comunicación.

Es de interés que el alcance de estas áreas abarque tanto para zonas costeras, para plataforma continental, como a la zona Antártica. Otras áreas de interés se vinculan a la Ingeniería Naval y al desarrollo de aplicaciones a simulaciones de vuelo y teledección, entre otras.

El Fondo Sectorial de Investigación e Innovación será administrado bajo la modalidad de fondo concursable y contará con recursos de la ANII y del Ministerio de Defensa Nacional. La Agencia se encargará del diseño de los instrumentos y de la gestión de los proyectos que resulten aprobados, de acuerdo a los lineamientos que se definan y teniendo especialmente en cuenta los objetivos generales y prioridades temáticas que proponga el Ministerio.

Asimismo, cuando el Ministerio de Defensa lo solicite, la ANII evaluará proyectos de Investigación, Desarrollo e Innovación y brindará a la secretaría de Estado la información resultante de un proceso de evaluación (tanto técnica como económica) realizada por expertos y gestionada en forma transparente y ágil.

Los Fondos Sectoriales están dedicados a la promoción de las actividades de Investigación, Desarrollo e Innovación en áreas priorizadas dentro de la estrategia nacional. Los proyectos presentados que concursan por una financiación completa o parcial,  deben dirigirse a la resolución de problemas productivos y/o sociales de relevancia para el país que son agendados en cada convocatoria.

Los  Fondos Sectoriales se constituyen con recursos propios de la ANII y fondos provenientes de distintos organismos públicos y/o privados interesados en promover la I+D+i en las áreas identificadas.

Hasta el momento ya se han conformado el Fondo Sectorial de Energía (con fondos de ANII, UTE, ANCAP y MIEM), el Fondo Innovagro (con fondos de ANII e INIA), el Fondo Sectorial de Salud (con fondos de ANII y MSP) y se convocará el Fondo Sectorial de Medio Ambiente (con fondos de ANII, OSE, MVTOP y MGAP).

Para cada convocatoria los socios de los Fondos Sectoriales definen la agenda de problemas a solucionar en los que pueden concursar tanto investigadores como empresas.

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